遺伝子疾患（いでんししっかん、英: Genetic disorder）は、遺伝子の異常が原因になって起きる疾患の総称
狭義に遺伝病とも称されるが、現在では次世代に遺伝しない場合も含めた概念となっている。

狭義にはメンデル型疾患のように、特定の遺伝子を、優性遺伝の場合は両親のどちらか、劣性遺伝の場合は両親ともが有していた場合に発症する疾患のことであり、筋ジストロフィーや血友病などがこれに属する。 広義には遺伝的素因が関連する疾患全体を指し、ある家系において一般集団よりも特定の疾患の発症率が高く、その原因を環境に求められないような疾患が含まれる。このグループには統合失調症や高血圧、糖尿病が含まれる。

後者の原因となる遺伝子は複数であることが多く、原因遺伝子の特定や治療法の確立が困難であることが多い。
このほか遺伝子の異常が原因となる疾患としては、染色体異常が原因となるもの（小人症 、ダウン症候群、クラインフェルター症候群など）やがん（がん遺伝子またはがん抑制遺伝子の異常による）があるが、家族性のがんなどを除いて遺伝病とは呼ばない
遺伝子疾患の別の視点からの定義としては、単一または少数の遺伝子の異常が発症の必要ないし十分条件（必ずしも必要かつ十分ではない）となる疾患、と考えられる場合もある。この立場をとる場合、両親のいずれも異常遺伝子を持たず、突然変異によって発症した症例（遺伝子異常による奇形症候群などは、このパターンが多い）も遺伝子疾患に含まれることになる。
わかりやすい例では、凝固第VIII因子をコードする遺伝子に異常があれば、表現型は血友病Aであり、異常遺伝子が母の一方のX染色体に存在する場合でも遺伝子の突然変異による場合（この場合、母のX染色体は2本とも正常）でも症状･検査所見などに変わりはない

両親の少なくともどちらかに異常遺伝子があることを遺伝子疾患の定義に含めてしまうと、血友病Aに遺伝子疾患とそうでない場合がある、という矛盾が生じてしまう。近親婚が極めてまれなものである現代、常染色体劣性遺伝の先天性代謝異常症症例の大部分が、少なくとも一方の異常遺伝子は突然変異によって生じていると考えられる。
疾病の原因となる異常タンパク質が発見され、そこから遺伝子の発見に至るパターンもありえるのだが、実際には、原因未知の症候群患者に共通する遺伝子異常が先に見つかり、その遺伝子のコードするタンパク質が判明、その後タンパク質の機能が解き明かされ疾病の発症機序が明らかになることがむしろ多い。

人体を家に例えると、ガス栓とトイレが二つある家で、片方のガス栓が壊れた状態が優性遺伝病、両方のトイレが壊れた状態が劣性遺伝病で、片方のトイレが壊れた状態が保因者である。